Bệnh viện Tâm thần tỉnh Kon Tum là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế tỉnh Kon Tum, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật. Bệnh viện Tâm thần tỉnh Kon Tum chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế, chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Sở Y tế, Bệnh viện chuyên khoa tuyến trung ương, chịu sự quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân tỉnh Kon Tum theo quy định của pháp luật. Bệnh viện Tâm thần có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về khám, điều trị, phòng bệnh, chăm sóc, quản lý, phục hồi chức năng cho các bệnh nhân tâm thần trên địa bàn tỉnh Kon Tum và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.